Brabant heeft voor vijftien Natura 2000-gebieden een Natuurdoelanalyse laten maken: Biesbosch, Brabantse Wal, Deurnsche Peel & Mariapeel, Groote Peel, Kampina & Oisterwijkse Vennen, Kempenland-West, Langstraat, Leenderbos-Groote Heide-De Plateaux, Loonse en Drunense Duinen, Markiezaat, Oeffelter Meent, Regte Heide & Riels Laag, Strabrechtse Heide & Beuven, Ulvenhoutse Bos en Vlijmens Ven-Moerputten-Bossche Broek. Voor deze gebieden is de provincie Noord-Brabant de ‘voortouwnemer’.
Voor de andere zes Natura 2000-gebieden die (deels) in Brabant liggen, zijn andere provincies of het Rijk voortouwnemer. Zij zorgen voor de Natuurdoelanalyses van deze gebieden en betrekken Brabant hierbij. Het gaat om Boschhuizerbergen, Hollands Diep, Krammer-Volkerak, Loevestein-Pompveld & Kornsche Boezem, Weerter- en Budelerbergen & Ringselven en Zoommeer.